Tháng 3 năm 2004, một bộ phận của Bộ môn Hải dương học được tách ra thành Phòng Thí nghiệm Nghiên cứu Quản lý Tài nguyên và Môi trường Biển (gọi tắt là Phòng Quản lý Biển) trực thuộc Khoa Khí tượng-Thuỷ văn và Hải dương học do PGS.TS. Đoàn Văn Bộ làm trưởng phòng. Phòng có chức năng và nhiệm vụ đào tạo và nghiên cứu khoa học theo hướng quản lý tài nguyên và môi trường biển. Trong đó công tác giảng dạy được thực hiện trong khuôn khổ khung chương trình đào tạo của khoa. Từ năm 2001 đến nay đã có rất nhiều sinh viên, học viên cao học và nghiên cứu sinh tốt nghiệp thực hiện các đề tài khóa luận, luận văn, luận án theo hướng nghiên cứu chuyên sâu liên quan đến:
- Mô hình hoá các quá trình sinh thái-thuỷ động lực biển, quản lý tổng hợp tài nguyên và môi trường biển, định hướng phát triển và ứng dụng các mô hình kinh tế-sinh thái quản lý và khai thác bền vững các khu vực đới bờ và hải đảo.
- Quản lý môi trường nuôi trồng khai thác thuỷ hải sản và Hải dương học nghề cá.
- Xây dựng và triển khai các công nghệ quản lý, khai thác bền vững tài nguyên và môi trường biển, tính toán và dự báo các thông số sinh thái-môi trường biển và cửa sông..., đảm bảo thông tin hải dương cho các hoạt động trên biển và ven bờ.
- Ứng dụng và phát triển các công nghệ nghiên cứu biển đi đôi với nghiên cứu các vấn đề môi trường biển, ô nhiễm biển phục vụ khảo sát, tư vấn, quy hoạch, quản lý và xây dựng cơ sở hạ tầng công nghệ biển.
Về nghiên cứu khoa học, đã có rất nhiều đề tài các cấp được thực hiện do các thành viên trong phòng làm chủ trì hoặc liên kết với các tập thể, cá nhân và cơ quan ngoài.