Giai đoạn I (2003-2008)
Xây dựng phòng thí nghiệm và mua sắm thiết bị của Dự án.
Giai đoạn II (từ 2008-2013):
Xây dựng Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein (PTNTĐCNEP) để hình thành một cơ sở nghiên cứu hiện đại, chuyên sâu về lĩnh vực enzyme -protein, giải quyết một số vấn đề khoa học và công nghệ gắn liền với thực tiễn Việt Nam, góp phần thúc đẩy mạnh mẽ sự phát triển công nghệ sinh học của đất nước, nhanh chóng hoà nhập với trình độ phát triển khoa học công nghệ của các nước tiên tiến trong khu vực.
- Ngày 02/12/2008 Giám đốc Đại học Quốc Gia Hà Nội đã bổ nhiệm PGS.TS. Phan Tuấn Nghĩa làm Giám đốc PTNTĐCNEP (Quyết định số: 5805/QĐ-TCCB).
- Ngày 18/3/2009, Hiệu trưởng Trường ĐHKHTN đã ban hành Điều lệ tổ chức và hoạt động của PTNTĐCNEP (Quyết định số 764/QĐ-TCCB) trên cơ sở Quy chế tổ chức và hoạt động chung của Phòng thí nghiệm trọng điểm do Bộ KH - CN ban hành và chức năng, nhiệm vụ của PTNTĐCNEP. Ngày 21/7/2009 Bộ Khoa học và Công nghệ cấp giấy chứng nhận Đăng ký hoạt động khoa học và công nghệ (số A-843) cho PTNTĐCNEP. Ngày 29/7/2009 Tổng cục Cảnh sát, Bộ Công An cấp Giấy chứng nhận đăng ký mẫu dấu (số 1163/ĐKMD) cho PTNTĐCNEP.
- Giám đốc PTNTĐCNEP đã cùng với Trường hình thành đội ngũ cán bộ chính nhiệm và kiêm nhiệm, tính đến 13/3/2014 PTNTĐCNEP có 08 cán bộ chính nhiệm và 22 cán bộ kiêm nhiệm.
- Giám đốc PTNTĐCNEP đã ra quyết thành lập phòng Hành chính -Tổng hợp và 06 phòng chuyên môn với Trưởng phòng là các cán bộ có trình độ Tiến sĩ trở lên.
Giai đoạn III (từ 2014-2019):
Xây dựng Phòng Thí nghiệm trọng điểm Công nghệ Enzym và Protein (PTNTĐCNEP) để tiếp tục phát triển thành một cơ sở dẫn đầu trong nước chuyên nghiên cứu chuyên sâu về lĩnh vực enzyme -protein, làm chủ và chuyển giao một số công nghệ protein và enzyme để phục vụ thực tiễn Việt Nam, góp phần thúc đẩy mạnh mẽ sự phát triển công nghệ sinh học của đất nước, phấn đấu đạt trình độ phát triển khoa học công nghệ của các nước tiên tiến trong khu vực và tiếp cận một số công nghệ đạt trình độ của các nước phát triển trên thế giới.