Bộ môn Quản lý môi trường là một trong 4 bộ môn nòng cốt hình thành nên Khoa Môi trường, thuộc Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội. Bộ môn được Hiệu trưởng Trường Đại học Khoa học Tự nhiên ký quyết định thành lập vào ngày 13 tháng 2 năm 1996, cùng thời điểm với quyết định bổ nhiệm Chủ nhiệm khoa đầu tiên của Khoa môi trường.
Những cán bộ của Bộ môn trong những ngày đầu thành lập tuy không nhiều, bao gồm, TS. Lưu Đức Hải, TS. Hoàng Xuân Cơ, CN. Phạm Thị Việt Anh, CN. Lê Thị Lan Anh và các sinh viên mới tốt nghiệp được giữ lại Khoa như CN. Nguyễn Thị Hoàng Liên, CN. Đàm Duy Ân…, nhưng đó lại là những người đã có những cố gắng và đóng góp rất tích cực và để lại nhiều dấu ấn cho sự phát triển và trưởng thành của Khoa Môi trường nói chung cũng như của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên nói chung.
Qua chặng đường phát triển, đến nay đội ngũ cán bộ của Bộ môn đã không ngừng trưởng thành và phát triển cả về số lượng lẫn chất lượng, với nhiều cán bộ có trình độ trên đại học, nhiều cán bộ của Bộ môn đã bảo vệ thành công luận án thạc sĩ (Phạm Thị Việt Anh, Đàm Duy Ân), tiến sĩ (Vũ Văn Mạnh, Nguyễn Thị Hoàng Liên), được phong học hàm phó giáo sư (Lưu Đức Hải, Nguyễn Đinh Hòe, Vũ Quyết Thắng, Vũ Văn Mạnh), giáo sư (Phạm Ngọc Hồ), Nhà giáo nhân dân (Nguyễn Cẩn), Nhà giáo ưu tú (Phạm Ngọc Hồ, Lưu Đức Hải).
Trong số các cán bộ của Bộ môn, có nhiều người đã hoặc đang nắm giữ những vị trí quan trọng của Trường và Khoa, như GS.TSKH. NGƯT. Nguyễn Cẩn, nguyên phó hiệu trưởng trường Đại học Khoa học Tự nhiên; GS.TS. NGƯT. Phạm Ngọc Hồ, nguyên Chủ nhiệm khoa, nhiệm kỳ 1996-2000, 2000-2004, nguyên Giám đốc Trung tâm Nghiên cứu, Quan trắc và Mô hình hóa Môi trường; PGS.TS. Lưu Đức Hải: Chủ nhiệm Khoa môi trường từ năm 2004-2013, Đảng uỷ viên đảng bộ Trường Đại học Khoa học Tự nhiên từ 2005-2013; PGS.TS. Hoàng Xuân Cơ: nguyên Phó chủ nhiệm Khoa môi trường, nhiệm kỳ 1996-2000, nguyên Chủ nhiệm Bộ môn Quản lý môi trường, nhiệm kỳ 2000-2004, nguyên Phó trưởng Phòng KHCN, Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội, nguyên Chủ nhiệm Bộ môn Sinh thái môi trường, nhiệm kỳ 2004-2009, Giám đốc Trung tâm nghiên cứu Quan trắc và Mô hình hóa Môi trường; PGS.TS. Nguyễn Đinh Hòe, nguyên Chủ nhiệm Bộ môn Quản lý môi trường, nhiệm kỳ 2004-2009; PGS.TS. Vũ Quyết Thắng, PGĐ Trung tâm Công nghệ môi trường.